新竹研究所最主要的機構有1936年成立的「天然瓦斯研究所」（赤土崎353番地），沿著竹東街道（現光復路）兩側，聚集了六燃合成部（赤土崎133）、海軍天然瓦斯實驗所（赤土崎，後町名改正到花園町 269-1) 、工業新竹的各種企業（活性碳、玻璃、化工等）與竹東油業所，被稱為「台灣矽谷的源頭」。由於當時新竹研究所的首任所長張明哲（1936級化學系）與副所長/代理所長朱樹恭（1936級化學系）都是清華人，除了捐地，也提供了研究、講習、交流等豐富資源。更因爲講習班的講師們來自聯合國，而促成了成功湖的命名（紐約長島臨時聯合國旁的Lake Success）。我們能從1920年代的《美國化學會誌》（ACS）等珍貴期刊上，看到天研最早期使用的天然瓦斯研究所長條圖書章。到了1940年代，章戳樣式演變為極具官署氣息的「台灣總督府天然瓦斯研究所」日文圓戳章與英文圖書章，這些印記不僅標示了館藏的入庫時間，更見證了當時新竹赤土崎地區已具備與國際接軌的研發能量。