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1955年12月，行政院組設「清華大學研究院籌備委員會」，決定將校址設於新竹市赤土崎，並優先設立「原子科學研究所」（原科所），當時被笑稱為「一所大學」，因為校區內僅有一個研究所。這一時期的學術建設經費來自庚子賠款設立的「清華基金」，校級圖書章刻印著「國立清華大學研究院」，見證了清華如何以原子科學為先鋒，重返國際學術領域。早期的圖書採購採取總歸戶編號系統，所有圖書直到1968年3月紅樓圖書館落成前，都依據採購入庫順序獲得唯一的編號，這些編號成為清華學術復興的序位。
1956年梅貽琦校長（前左）視察新竹赤土崎預定校地。
照片取自於國立清華大學圖書館珍藏資料
1956年第一屆原科所研究生，與梅貽琦校長(第一排中)合影，實際報到15人，畢業人數10人。
照片取自於國立清華大學圖書館珍藏資料
圖書館內的「編號之最」更是章戳史的亮點。西文第一號圖書《Thermo-dynamics and Statistical Mechanics》（編號 000001）是 MIT 教授 Allis 與 Herlin 合著的熱力學教科書，這本被列為圖書界稀有文物的館藏，借書卡上留下了包括現任中央大學教授楊建裕等七位讀者的親筆簽名，記錄了清華早期學子的鑽研足跡。中日韓文第一號圖書《微分方程式論》（編號 C000001）則蓋有「國立清華大學研究院」圓形圖書章，並附帶作者佐藤德意的英文簽名與蓋章。這些「第一號」圖書透過編號與章戳的結合，確立了清華在台學術發展的序位與根基。
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中日韓文C000001號圖書《微分方程式論》，
附帶作者佐藤德意的英文簽名與蓋章。
西文000001號圖書《Thermo-dynamics and Statistical Mechanics》，
印有國立清華大學研究院圓戳章及浮雕圖書章。
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